A fin de disminuir la exposición al riesgo, la gravedad de las lesiones, la discapacidad y la muerte de los jaliscienses por accidentes, como tarea trascendental para la sociedad, el CEPAJ documenta y sistematiza sus acciones dirigiendo los esfuerzos de la organización hacia este gran objetivo.
 
Además, otro de los pilares del CEPAJ es el Sistema de Atención Médica de Urgencias (SAMU), el cual cobra importancia desde el 2013 al poner en marcha la Aerotransportación Vital de Emergencias, los Edificios Cardio Protegidos, entre otros.